De drie meest voorkomende typen overdrachtsmembranen die worden gebruikt voor de detectie van eiwit- en nucleïnezuuroverdracht zijn nitrocellulosemembranen, polyvinylideenfluoride (PVDF)-membranen en nylonmembranen. Nitrocellulosemembranen zijn een veelgebruikte matrix bij eiwitblotting vanwege hun hoge eiwitbindingsaffiniteit en compatibiliteit met verschillende detectiemethoden. Het eiwitbindende vermogen van nitrocellulosemembranen is 80-100 µg/cm², en eiwitimmobilisatie vindt voornamelijk plaats via hydrofobe interacties. Nitrocellulosemembranen zijn broos en kwetsbaar, waardoor het gebruik ervan voor het delabelen en herlabelen wordt beperkt.
Polyvinylideenfluoride (PVDF)-membranen hebben een hoge bindingsaffiniteit voor zowel eiwitten als nucleïnezuren. PVDF-membranen zijn zeer hydrofoob en moeten vooraf- worden bevochtigd met methanol of ethanol voordat ze in overdrachtsbuffer worden ondergedompeld. Het eiwitbindende vermogen van PVDF-membranen bedraagt 170-200 µg/cm². Vergeleken met nitrocellulose zijn PVDF-membranen minder bros en kwetsbaar, hebben ze een betere mechanische sterkte en chemische stabiliteit en zijn ze geschikt voor Western-blotting-experimenten waarbij stappen voor het verwijderen van labels en het opnieuw labelen nodig zijn. Vanwege hun hydrofobiciteit hebben PVDF-membranen de voorkeur voor hydrofobe eiwitten.
Nylonmembranen binden eiwitten en nucleïnezuren door ionische, elektrostatische en hydrofobe interacties. De eiwitbindende capaciteit van nylonmembranen kan 480 µg/cm² bereiken. Nylonmembranen vertonen een hoge duurzaamheid en bieden voordelen bij Western-blotting-experimenten waarbij procedures voor het verwijderen van labels en het opnieuw labelen vereist zijn. Een belangrijk nadeel van het gebruik van nylonmembranen voor blottingtoepassingen is de mogelijkheid van niet-specifieke binding met anionen.